1. Vụ Chính sách và Pháp chế.

- Tầng 4, Nhà B số 83 Nguyễn Chí Thanh, Hà Nội

2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.

- Tầng 3, Nhà B số 83 Nguyễn Chí Thanh, Hà Nội

3. Vụ Kế hoạch - Tài chính.

- Tầng 2, Nhà B số 83 Nguyễn Chí Thanh, Hà Nội

4. Vụ Tổ chức cán bộ.

- Tầng 3, Nhà A số 83 Nguyễn Chí Thanh, Hà Nội

5. Văn phòng Tổng cục.

6. Cục Quản lý điều tra cơ bản biển và hải đảo.

7. Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo.

8. Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển, hải đảo.

9. Viện Nghiên cứu biển và hải đảo. Website

- Lãnh đạo Viện

Viện trưởng đương nhiệm: TS Nguyễn Lê Tuấn Viện trưởng tiền nhiệm: PGS.TS Vũ Thanh CaPhó Viện trưởng: PGS.TS Phùng Đăng Hiếu, TS Hoàng Trung Thành

- Địa chỉ: số 67 Chiến Thắng, Văn Quán, Hà Đông, Hà Nội

- Điện thoại: 0243 2595 427

10. Trung tâm Hải văn.

- Giám đốc: Trần Hồng Lam

11. Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển. Website Lưu trữ 2018-03-15 tại Wayback Machine

- Giám đốc: Dương Quốc Lương

- Địa chỉ: Số 28 Phạm Văn Đồng, quận Cầu Giấy, Hà Nội

12. Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Bắc.

13. Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Nam.

14. Trung tâm Thông tin, dữ liệu biển và hải đảo quốc gia. [liên kết hỏng]- Lãnh đạo Trung tâm

Giám đốc đương nhiệm: Võ Xuân Hùng Giám đốc tiền nhiệm: PGS.TS Nguyễn Văn hànhPhó Giám đốc: Nguyễn Thị Thu HàPhó Giám đốc: Nguyễn Văn BảnPhó Giám đốc: Nguyễn Văn Long

- Địa chỉ: Số 83 Nguyễn Chí Thanh, Đống Đa, Hà Nội